Δέκατη τρίτη εξωτερική αξιολόγηση ποιότητας για τον τύπο σαλμονέλας από το ECDC.
Η Λοίμωξη με Salmonella spp. είναι η δεύτερη πιο αναφερόμενη ζωονοσογόνος νόσος στον άνθρωπο, με 65.208 αναφερόμενα κρούσματα στην Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΕ) το 2022. Η σαλμονέλα είναι επίσης το βακτήριο που σχετίζεται με τις περισσότερες τροφιμογενείς επιδημίες. Η συνολική τάση στην ΕΕ όσον αφορά τη συχνότητα εμφάνισης σαλμονέλωσης για τα έτη 2017 έως 2021 δεν έχει αλλάξει σημαντικά.
Για να αποφευχθεί η περαιτέρω εξάπλωση ασθενειών που μεταδίδονται με τρόφιμα, όπως η σαλμονέλωση, είναι απαραίτητο να χρησιμοποιηθούν συστήματα ανθρώπινης επιτήρησης σε διαφορετικά επίπεδα για την παρακολούθηση της νόσου και τη διασφάλιση της έγκαιρης ανίχνευσης και ανταπόκρισης σε κρούσματα σύμφωνα με νέα ανακοίνωση του Ευρωπαϊκού Κέντρου Πρόληψης και Ελέγχου Νοσημάτων (ECDC).
Το ECDC έχει θέσει στόχους επιτήρησης για την παρακολούθηση των τάσεων και τη διεξαγωγή πολυεθνικής ανίχνευσης εστιών σαλμονέλωσης και άλλων παθογόνων παραγόντων. Επιπλέον, οι στόχοι θα συμβάλουν στην αξιολόγηση και παρακολούθηση των προγραμμάτων πρόληψης και ελέγχου, να εντοπίζουν ομάδες πληθυσμού που διατρέχουν κίνδυνο και χρειάζονται στοχευμένη πρόληψη, να συμβάλει στην εκτίμηση της επιβάρυνσης της νόσου, να δημιουργηθούν υποθέσεις σχετικά με τις πηγές και τους τρόπους μετάδοσης και τον εντοπισμό αναγκών για ερευνητικά έργα.
Η εκπλήρωση αυτών των στόχων επιτήρησης βασίζεται σε μεγάλο βαθμό στα δεδομένα που παρέχονται από τα Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς Δημόσιας Υγείας (NPHRL) της ΕΕ και των χωρών του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (ΕΟΧ). Για την παρακολούθηση των χρησιμοποιούμενων μεθόδων τυποποίησης, της ποιότητας και της συγκρισιμότητας των δεδομένων και της ικανότητας των εργαστηρίων που εκτελούν αυτές τις μεθόδους, το ECDC αναθέτει ένα ετήσιο πρόγραμμα Εξωτερικής Αξιολόγησης Ποιότητας (EQA) για τον ορότυπο και τη μοριακή ανάλυση συστάδων της σαλμονέλας.
Αυτό το δέκατο τρίτο πρόγραμμα εξωτερικής αξιολόγησης ποιότητας για τον τύπο σαλμονέλας (EQA-13) ανατέθηκε με υπεργολαβία στο Εθνικό Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας και Περιβάλλοντος (RIVM) και αποτελούνταν από ένα τμήμα ορότυπου και ένα τμήμα ανάλυσης συστάδων βάσει μοριακού τύπου. Οι συμμετέχοντες αναμενόταν να χρησιμοποιήσουν μεθόδους που εφαρμόζονταν τακτικά και για τα δύο μέρη του EQA και αξιολογήθηκαν ως προς την απόδοσή τους.
Για την οροτυποποίηση συμμετείχαν 28 εργαστήρια και το 54% (15/28) χρησιμοποίησε φαινοτυπικό ορότυπο, με βάση τη συγκόλληση μόνο με αντιορούς, ενώ το 11% (3/28) χρησιμοποίησε συνδυασμό συγκόλλησης με αντιορούς και μοριακές μεθόδους εκτός του WGS. Συνολικά, το 14% (4/28) των εργαστηρίων χρησιμοποίησε συνδυασμό συγκόλλησης με αντιορούς και πρόβλεψη ορότυπου με WGS και το 21% (6/28) χρησιμοποίησε πρόβλεψη ορότυπου μόνο με WGS. Η απόδοση ήταν υψηλή για τα περισσότερα εργαστήρια, με 16 εργαστήρια να επιτυγχάνουν βαθμολογίες απόδοσης 100% και έξι από 92%. Τα έξι εργαστήρια που είχαν τις χαμηλότερες τιμές απόδοσης (<92%) χρησιμοποίησαν φαινοτυπικές μεθόδους. Η συνολική απόδοση στον ορότυπο ήταν καλύτερη εάν ο ορότυπος είχε προβλεφθεί χρησιμοποιώντας WGS παρά εάν αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας μόνο φαινοτυπικές μεθόδους (p=0,0090, ꭕ2).
Είκοσι τέσσερα εργαστήρια συμμετείχαν στην ανάλυση συστάδων με βάση τη μοριακή τυποποίηση, η οποία ήταν μια αύξηση σε σύγκριση με τα δύο προηγούμενα EQA. Και στα δύο, EQA-12 (2022) και EQA-11 (2021), 20 εργαστήρια συμμετείχαν στην ανάλυση συστάδων με βάση τη μοριακή τυποποίηση. Στο EQA-13, το ποσοστό των συμμετεχόντων που χρησιμοποίησαν το WGS για την ανάλυση συστάδων αυξήθηκε από 85% σε 96% σε σύγκριση με το EQA-12, ενώ ο αριθμός των συμμετεχόντων που εφάρμοσαν ανάλυση πολλαπλών θέσεων με διαδοχική επανάληψη μεταβλητού αριθμού (MLVA) Η ανάλυση μειώθηκε από 15% σε 13%. Ο αριθμός των συμμετεχόντων που χρησιμοποιούσαν ανάλυση συστάδων με ηλεκτροφόρηση γέλης παλμικού πεδίου (PFGE) μειώθηκε επίσης από 10% (δύο συμμετέχοντες) σε 4% (ένας συμμετέχων). Όλοι οι συμμετέχοντες που χρησιμοποίησαν MLVA χρησιμοποίησαν επίσης WGS για ανάλυση συστάδων.
Στην ανάλυση συμπλέγματος που βασίζεται στο WGS, οι περισσότεροι συμμετέχοντες το 91% (21/23) εφάρμοσαν μια προσέγγιση γονίδιο προς γονίδιο, ενώ το υπόλοιπο 9% (2/23) εφάρμοσε τον τύπο SNP. Συνολικά, χρησιμοποιήθηκαν 22 διαφορετικοί συνδυασμοί πλατφορμών, προσεγγίσεων, κιτ, εργαλείων ανάλυσης συμπλέγματος, σχημάτων πληκτρολόγησης και αποκοπών συμπλέγματος. Ωστόσο, οι μέθοδοι που χρησιμοποιήθηκαν δεν επηρέασαν την υψηλή απόδοση, με συνολική βαθμολογία απόδοσης 96% σωστής ανάθεσης συστάδων για τις απομονώσεις και τις ακολουθίες που παρέχονται. Δεκαεννέα εργαστήρια είχαν 100% απόδοση στην αντιστοίχιση των παρεχόμενων απομονώσεων σε ομάδες και τρία επιπλέον εργαστήρια αντιστοιχούσαν λανθασμένα μόνο σε μία από τις απομονώσεις που παρέχονται.
Τρία εργαστήρια εφάρμοσαν τυποποίηση με βάση MLVA και παρήγαγαν πανομοιότυπα προφίλ MLVA, εκτός από το αλληλόμορφο SENTR4 στο στέλεχος EQA2329, υποδεικνύοντας υψηλή τεχνική απόδοση 98% (49/50 αλληλόμορφα). Ωστόσο, η συνολική απόδοση για την αντιστοίχιση συστάδων των παρεχόμενων απομονώσεων ήταν χαμηλότερη (82%) από ό,τι με την ανάλυση συστάδων που βασίζεται σε WGS (96%, p=0,0022), καθώς δύο απομονώσεις συμπεριλήφθηκαν στη συστάδα έξαρσης με βάση τα προφίλ MLVA από δύο εργαστήρια και ένα στέλεχος αποκλείστηκε με βάση τα προφίλ MLVA από ένα εργαστήριο. Ως εκ τούτου, τα εργαστήρια που συμμετείχαν είχαν καλή ικανότητα στην εφαρμογή του MLVA, αλλά η ανάλυση της ίδιας της τεχνικής ήταν πολύ χαμηλή για να αποδοθούν σωστά απομονώσεις σε συστάδες.
Δεδομένου ότι μόνο ένα εργαστήριο εφάρμοσε ανάλυση συμπλέγματος βάσει PFGE, η απόδοση αυτού του εργαστηρίου δεν μπορούσε να συγκριθεί με τα άλλα. Ο συμμετέχων αναγνώρισε σωστά όλες τις απομονώσεις που ανήκουν στο σύμπλεγμα, αλλά μπορούσε να αποκλείσει μόνο δύο απομονώσεις. Η χρήση ανάλυσης συμπλεγμάτων που βασίζεται σε PFGE δεν συνιστάται λόγω της κατώτερης ανάλυσης, της κακής φορητότητας και της περιορισμένης χρήσης που παρεμποδίζει τη χρήση της σε (διεθνείς) αξιολογήσεις εστιών επιδημιών που περιλαμβάνουν πολλαπλά ιδρύματα και επομένως περιορίζει την εκπλήρωση των στόχων επιτήρησης του ECDC.
Συνιστάται στα εργαστήρια να χρησιμοποιούν ανάλυση συστάδων που βασίζεται σε WGS, τουλάχιστον σε περιπτώσεις εστίας. Ζητείται από τα κράτη μέλη να υποβάλουν δεδομένα WGS της Salmonella σε πραγματικό χρόνο στο TESSy για να χρησιμοποιηθούν για την παρακολούθηση της σαλμονέλωσης ενισχυμένη με WGS σε όλη την ΕΕ. Τα δεδομένα WGS θα πρέπει να υποβάλλονται κάθε φορά που είναι διαθέσιμα νέα δεδομένα σε εργαστήρια ή σε σχέση με συνεχιζόμενες έρευνες επιδημιών σε πολλές χώρες. Η κοινή χρήση δεδομένων WGS επιτρέπει στο ECDC να πραγματοποιεί τακτικές ανιχνεύσεις συστάδων για σαλμονέλα σε πολλές χώρες, ενώ υποστηρίζει και βελτιώνει την επικαιρότητα των ερευνών επιδημιών σε πολλές χώρες.
Το EQA-13 αξιολόγησε τις μεθόδους τυποποίησης που χρησιμοποιήθηκαν, την ποιότητά τους και τη συγκρισιμότητα τους, καθώς και την ικανότητα των εργαστηρίων που τις εκτελούν. Τα αποτελέσματα από μια έρευνα ανατροφοδότησης έδειξαν ότι πολλά εργαστήρια έλαβαν διορθωτικά μέτρα με βάση τα αποτελέσματα του EQA-13, αποδεικνύοντας την προστιθέμενη αξία αυτού του EQA για την ικανότητα πληκτρολόγησης των NPHRL σε χώρες της ΕΕ/ΕΟΧ. Η διασφάλιση ότι οι NPHRL λειτουργούν με τη μέγιστη ικανότητα και ικανότητα συμβάλλει σε υψηλά πρότυπα επιτήρησης και ανίχνευσης επιδημιών τόσο σε περιφερειακό όσο και σε εθνικό επίπεδο και εκπληρώνει τους διεθνείς στόχους επιτήρησης του ECDC και του Ευρωπαϊκού Δικτύου Τροφίμων και Υδατογενών Ασθενειών και Ζωονόσων (FWD-Net).
Ακολουθήστε το Cibum 
