Πρόγραμμα εξωτερικής αξιολόγησης ποιότητας για την τυποποίηση L. Monocytogenes στα εθνικά εργαστήρια αναφοράς δημόσιας υγείας.
Έκθεση του Ευρωπαϊκού Κέντρου Πρόληψης και Ελέγχου Νοσημάτων ECDC παρουσιάζει τα αποτελέσματα του ένατου γύρου του προγράμματος εξωτερικής αξιολόγησης ποιότητας (EQA-9) για την τυποποίηση της Listeria monocytogenes (L. monocytogenes) , που οργανώθηκε για τα εθνικά εργαστήρια αναφοράς δημόσιας υγείας (NPHRLs) που παρέχουν δεδομένα στις ασθένειες που προκαλούνται από τα τρόφιμα και το νερό και Zoonoses Network (FWD-Net), που διαχειρίζεται το ECDC. Από το 2007, το ECDC είναι υπεύθυνο για την πανευρωπαϊκή επιτήρηση της λιστερίωσης, συμπεριλαμβανομένης της διευκόλυνσης του εντοπισμού και της διερεύνησης τροφιμογενών εστιών.
Η ανθρώπινη λιστερίωση είναι μια σχετικά σπάνια αλλά σοβαρή τροφιμογενής ασθένεια με ποσοστό κοινοποίησης στην Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΕ) 0,49 κρουσμάτων ανά 100.000 πληθυσμού το 2021 [3]. Μεταξύ 2017 και 2019, ο αριθμός των κρουσμάτων ανθρώπινης λιστερίωσης στην ΕΕ αυξήθηκε, ενώ το 2020 σημειώθηκε ο χαμηλότερος αριθμός ανθρώπινων κρουσμάτων που αναφέρθηκαν ποτέ, λόγω των επιπτώσεων της πανδημίας COVID-19 και της αποχώρησης του Ηνωμένου Βασιλείου από την ΕΕ. Ωστόσο, ο αριθμός των κρουσμάτων δεν επέστρεψε στο προ-πανδημικό επίπεδο το 2021.
Συνολικά, 18 (90%) εργαστήρια συμμετείχαν στο κομμάτι της οροτυποποίησης. Τα αποτελέσματα της μοριακής οροομαδοποίησης δόθηκαν από 17 από τους 18 (94%) συμμετέχοντες. Τέσσερις συμμετέχοντες πραγματοποίησαν τόσο συμβατικό ορότυπο όσο και μοριακή οροομαδοποίηση και ένας έκανε μόνο τον συμβατικό ορότυπο. Η μέση απόδοση για τη μοριακή οροομάδα ήταν υψηλή, με 96% σωστά αποτελέσματα. Για τη συμβατική μέθοδο, το 80% των συμμετεχόντων οροτύπησε σωστά και τα επτά στελέχη δοκιμής. Ένας συμμετέχων πληκτρολόγησε λάθος πέντε από τα επτά στελέχη στον συμβατικό ορότυπο, αλλά πέτυχε 100% σωστά αποτελέσματα στη μοριακή οροομάδα, την οποία πραγματοποίησε για πρώτη φορά. Από την πρώτη EQA το 2012, η τάση ήταν προς την αντικατάσταση του συμβατικού ορότυπου με μοριακή οροομάδα, με ισχυρές επιδόσεις. Ωστόσο, στο EQA-9 τρεις συμμετέχοντες που χρησιμοποιούσαν WGS προσδιόρισαν εσφαλμένα την οροομάδα για ένα από τα «επαναλαμβανόμενα» στελέχη.
Από τα 20 εργαστήρια που συμμετείχαν στο EQA-9, τα 17 (85%) πραγματοποίησαν ανάλυση συστάδων βάσει μοριακού τύπου χρησιμοποιώντας μια μέθοδο της επιλογής τους. Η ιδέα του τμήματος της ανάλυσης συστάδων του EQA ήταν να αξιολογήσει την ικανότητα των εργαστηρίων να προσδιορίζουν ένα σύμπλεγμα που ήταν γενετικά στενά συνδεδεμένο – δηλαδή να κατηγοριοποιήσει σωστά τα στελέχη δοκιμής συστάδων ανεξάρτητα από τη μέθοδο που χρησιμοποιήθηκε, αντί να είναι σε θέση να ακολουθήσει μια συγκεκριμένη διαδικασία .
Το σύμπλεγμα των στενά σχετιζόμενων στελεχών προκαθορίστηκε από τον πάροχο EQA χρησιμοποιώντας δεδομένα που προέρχονται από το WGS. Ως εκ τούτου, όπως ήταν αναμενόμενο, ήταν δύσκολο να επιτευχθεί η σωστή οριοθέτηση συστάδων χρησιμοποιώντας λιγότερο διακριτικές μεθόδους (π.χ. ηλεκτροφόρηση γέλης παλμικού πεδίου (PFGE)). Κανένας από τους δύο συμμετέχοντες που χρησιμοποίησαν το PFGE δεν αναγνώρισε σωστά τη συστάδα και δεν μπορούσαν να συμπεριλάβουν τις αλληλουχίες που παρέχονται στην ανάλυσή τους. Δεκαέξι εργαστήρια πραγματοποίησαν ανάλυση συστάδων χρησιμοποιώντας δεδομένα που προέρχονται από το WGS. Σε γενικές γραμμές, η απόδοση ήταν ισχυρή, με το 81% των συμμετεχόντων να αναγνωρίζουν σωστά τη συστάδα των στενά σχετιζόμενων στελεχών κατά την αξιολόγηση δεδομένων καλής ποιότητας (QC-status A).
Η τροποποιημένη αλληλουχία (στέλεχος 17, στέλεχος συστάδας με κάλυψη μειωμένη σε περίπου 94%) παρενέβη στην ανάλυση για ορισμένους συμμετέχοντες, οι οποίοι εσφαλμένα βρήκαν ότι αυτό το στέλεχος ήταν γενετικά πολύ μακρινό για να είναι μέρος του συμπλέγματος. Αυτό το EQA δείχνει ξεκάθαρα ότι η επίδραση των διαφορών μεταξύ των προσεγγίσεων και των σχημάτων που χρησιμοποιούνται από τους συμμετέχοντες ενισχύεται κατά την αξιολόγηση δεδομένων μη τέλειας ποιότητας. Κάθε εργαστήριο θα πρέπει να δοκιμάσει και να βρει τυπικά όρια Ποιοτικού Ελέγχου (QC) που λειτουργούν για την προσέγγιση και το σχήμα του. Τα εργαστήρια εκχώρησαν διαφορετική κατάσταση QC για ορισμένα από τα τροποποιημένα στελέχη και τα αποτελέσματα επηρέασαν την ανάλυση και τα συμπεράσματα.
Όλοι οι συμμετέχοντες ήταν σε θέση να αναγνωρίσουν την τροποποιημένη ακολουθία με πολύ μειωμένη κάλυψη. Ωστόσο, ορισμένοι συμμετέχοντες δεν μπορούσαν να αναγνωρίσουν την αλληλουχία με μόλυνση και την αλληλουχία με ένα μείγμα δύο διαφορετικών τύπων αλληλουχιών (STs). Η προτιμώμενη μέθοδος ανάλυσης ήταν η βασισμένη σε αλληλόμορφα τυποποίηση αλληλουχίας πολλαπλών θέσεων πυρήνα γονιδιώματος (cgMLST) που χρησιμοποιήθηκε από το 88% (14/16), ενώ μόνο το 13% (2/16) χρησιμοποίησε πολυμορφισμό απλού νουκλεοτιδίου (SNP). Το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο σχήμα για τα EQAs ήταν το Ruppitsch (cgMLST) (11/15), ενώ το σχήμα Pasteur (cgMLST) χρησιμοποιήθηκε από το 31% (5/16) των συμμετεχόντων στο EQA-9. Το συμπέρασμα από αυτό το EQA-9 ήταν ότι το cgMLST έχει υψηλότερη συνέπεια από την ανάλυση SNP καθώς τα αποτελέσματα ήταν πολύ πιο συγκρίσιμα.
Το τρέχον σχήμα EQA για τυποποίηση L. monocytogenes είναι το ένατο EQA που οργανώνεται για NPHRL στο FWD-Net. Το σύστημα επιτήρησης ενισχυμένο με μοριακή τυποποίηση, που υλοποιείται ως μέρος του TESSy, βασίζεται στην ικανότητα των εργαστηρίων FWD-Net να παράγουν ακολουθίες καλής ποιότητας και συγκρίσιμα αποτελέσματα πληκτρολόγησης για διασυνοριακές ανιχνεύσεις συστάδων. Για πέντε χρόνια, τα ινστιτούτα δημόσιας υγείας είχαν τη δυνατότητα να υποβάλλουν τακτικά μεταβλητές WGS για το L. monocytogenes στο TESSy για να χρησιμοποιηθούν για την παρακολούθηση της λιστερίωσης ενισχυμένη με WGS σε όλη την ΕΕ. Εκτός από τα δεδομένα WGS που υποβλήθηκαν από τα κράτη μέλη για την ανίχνευση συστάδων λιστερίωσης, το ECDC συλλέγει και αναλύει επίσης δεδομένα αλληλουχίας κατά τη διάρκεια ερευνών εστιών σε πολλές χώρες που ξεκινούν κυρίως από ιδρύματα δημόσιας υγείας των κρατών μελών μέσω του EpiPulse.
Συνιστάται τα εργαστήρια να χρησιμοποιούν δεδομένα και στελέχη που παρέχονται από το EQA για να επικυρώσουν τις μεθόδους ανάλυσής τους εάν λαμβάνονται λανθασμένα αποτελέσματα (π.χ. EQA) ή εάν εφαρμόζονται νέες μέθοδοι και διαδικασίες.
Όταν τα εργαστήρια μετονομάζουν/αλλάξουν τα στελέχη από το αναγνωριστικό που παρέχεται από το EQA σε ένα αναγνωριστικό που ταιριάζει στις σωληνώσεις τους, μπορεί να είναι χρήσιμη για την εισαγωγή μιας διαδικασίας ελέγχου.
Για να διαβάσετε ολόκληρη την έκθεση πατήστε ΕΔΩ.
Ακολουθήστε το Cibum 
