Η μικροβιακή επιμόλυνση των φρέσκων φρούτων και λαχανικών μπορεί να έχει ήδη συμβεί πολύ πριν το προϊόν φτάσει στο στάδιο της κοπής, γεγονός που περιορίζει σημαντικά τις δυνατότητες αντιμετώπισής της στη συνέχεια. Σε αντίθεση με άλλα τρόφιμα, τα φρέσκα προϊόντα και ιδιαίτερα εκείνα που καταναλώνονται κομμένα δεν περνούν συνήθως από ένα στάδιο θερμικής επεξεργασίας που θα μπορούσε να εξουδετερώσει αποτελεσματικά παθογόνους μικροοργανισμούς. Έτσι, η ασφάλεια δεν εξαρτάται μόνο από τις συνθήκες μέσα σε μια μονάδα επεξεργασίας, αλλά από το σύνολο των χειρισμών που προηγούνται της κοπής, από την καλλιέργεια και τη συγκομιδή έως την αποθήκευση και τη μεταφορά.
Το πρόβλημα γίνεται ακόμη πιο σύνθετο επειδή η εξωτερική επιφάνεια ενός προϊόντος μπορεί να λειτουργήσει ως πηγή επιμόλυνσης για το εσωτερικό του. Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι το πεπόνι, του οποίου η φλούδα μπορεί να φέρει παθογόνα όπως η Salmonella. Όταν το μαχαίρι διαπερνά τη φλούδα, οι μικροοργανισμοί μπορούν να μεταφερθούν στη βρώσιμη σάρκα, ενώ ταυτόχρονα υπάρχει κίνδυνος επιμόλυνσης των επιφανειών και του εξοπλισμού που χρησιμοποιούνται κατά την επεξεργασία. Το απλό ξεφλούδισμα δεν εξαλείφει κατ’ ανάγκη τον κίνδυνο, καθώς η επιμόλυνση μπορεί να μεταφερθεί κατά την ίδια τη διαδικασία κοπής.
Οι προσπάθειες απολύμανσης ολόκληρων φρούτων και λαχανικών πριν από την κοπή μπορούν να μειώσουν το μικροβιακό φορτίο, όμως η αποτελεσματικότητά τους εξαρτάται από το προϊόν και την επιφάνειά του. Σε ερευνητική εφαρμογή που περιγράφεται στην ανάλυση, σύστημα επεξεργασίας με ιόντα αργύρου σε ολόκληρα πεπόνια πέτυχε μείωση περίπου 3 λογαρίθμων σε ενοφθαλμισμένο Escherichia coli, ενώ η μείωση των φυσικών γαλακτικών βακτηρίων ήταν περίπου 1,5 λογάριθμος. Η τεχνολογία προχώρησε στη συνέχεια σε εμπορική εγκατάσταση για περαιτέρω επικύρωση.
Η ανάγκη για τέτοιες παρεμβάσεις συνδέεται και με τα περιστατικά τροφιμογενών λοιμώξεων που έχουν αποδοθεί σε φρέσκα προϊόντα. Το πεπόνι έχει βρεθεί στο επίκεντρο ερευνών για εξάρσεις λοιμώξεων, καθώς η επιμόλυνση της εξωτερικής επιφάνειας μπορεί να μετατραπεί σε πρόβλημα για ολόκληρη την παρτίδα όταν το προϊόν κοπεί και διανεμηθεί. Η κρίσιμη παράμετρος επομένως δεν είναι μόνο αν ένα έτοιμο προς κατανάλωση προϊόν είναι μικροβιολογικά ασφαλές, αλλά σε ποιο σημείο της αλυσίδας δημιουργήθηκε ο κίνδυνος και αν υπήρχε δυνατότητα ελέγχου του νωρίτερα.
Ανάλογη εικόνα προκύπτει και στα κρεμμύδια. Η αφαίρεση του εξωτερικού περιβλήματος με πεπιεσμένο αέρα μπορεί να δημιουργήσει σκόνη και μικρά σωματίδια, ενώ σε έρευνες έχουν εντοπιστεί μικροοργανισμοί, μεταξύ άλλων Listeria, στις επιφάνειες των προϊόντων. Πειράματα με εμβάπτιση των κρεμμυδιών για 15 έως 30 δευτερόλεπτα σε γαλακτικό οξύ συγκέντρωσης 6% έως 7% έδειξαν μείωση μεγαλύτερη από 3 λογαρίθμους για ενοφθαλμισμένο E. coli, ενώ εμπορική επικύρωση της διαδικασίας έφτασε σχεδόν σε 4 λογαρίθμους μείωσης των ολικών κολοβακτηριοειδών. Η προσέγγιση αυτή, ωστόσο, δεν μπορεί να θεωρηθεί λύση για ήδη αποφλοιωμένα ολόκληρα κρεμμύδια, επειδή σε αυτό το στάδιο το βρώσιμο μέρος μπορεί να έχει ήδη εκτεθεί σε επιμόλυνση.
Η επιμόλυνση μπορεί να έχει προηγηθεί της επεξεργασίας
Ντομάτες, αγγούρια, ροδάκινα και πιπεριές παρουσιάζουν επίσης σημεία στα οποία η επιμόλυνση της επιφάνειας μπορεί να αποκτήσει μεγαλύτερη σημασία κατά την επεξεργασία. Οι μικροοργανισμοί μπορούν σε ορισμένες συνθήκες να εισχωρήσουν στο εσωτερικό των προϊόντων, ενώ η επεξεργασία της επιφάνειας που πραγματοποιείται νωρίς στην αλυσίδα μπορεί να επηρεάσει τις δυνατότητες μεταγενέστερης αντιμετώπισης. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελούν οι επικαλύψεις με κερί, οι οποίες εφαρμόζονται σε ορισμένα προϊόντα και μπορούν να λειτουργήσουν ως επιπλέον εμπόδιο για μεταγενέστερες παρεμβάσεις στην επιφάνεια.
Για τον λόγο αυτό, η προσέγγιση που βασίζεται αποκλειστικά σε δειγματοληψίες τελικών προϊόντων θεωρείται ανεπαρκής για τέτοιες αλυσίδες παραγωγής. Ένα αρνητικό αποτέλεσμα σε ένα δείγμα δεν αποδεικνύει ότι ολόκληρη η παρτίδα είναι απαλλαγμένη από επιμόλυνση, καθώς η κατανομή των παθογόνων μπορεί να είναι ανομοιόμορφη. Η αποτελεσματικότερη στρατηγική είναι η επικύρωση των διαδικασιών και των σημείων ελέγχου, ώστε να περιορίζεται η πιθανότητα επιμόλυνσης πριν το προϊόν φτάσει στο στάδιο όπου δεν υπάρχει πλέον αποτελεσματικό μέτρο εξόντωσης.
Η λογική αυτή αποκτά ακόμη μεγαλύτερη βαρύτητα στα φρέσκα κομμένα προϊόντα, όπου η κοπή αυξάνει την επιφάνεια του τροφίμου, απελευθερώνει υγρά και μπορεί να μεταφέρει μικροοργανισμούς από την εξωτερική επιφάνεια στο εσωτερικό. Η ψύξη, η καθαριότητα και η επιλογή ασφαλούς πρώτης ύλης πρέπει επομένως να αντιμετωπίζονται ως συνεχής διαδικασία και όχι ως έλεγχος που πραγματοποιείται μόνο στο τέλος της παραγωγής.