Τι αναδεικνύει η 13η αξιολόγηση ποιότητας για τα στελέχη STEC
Η πιο πρόσφατη έκθεση του Ευρωπαϊκού Κέντρου Πρόληψης και Ελέγχου Νόσων (ECDC) παρουσιάζει τα αποτελέσματα του δέκατου τρίτου κύκλου εξωτερικής αξιολόγησης ποιότητας για την τυποποίηση του παθογόνου Escherichia coli που παράγει τοξίνη Shiga. Η αξιολόγηση πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο του ευρωπαϊκού προγράμματος επιτήρησης τροφιμογενών και υδρογενών λοιμώξεων FWD-Net, με στόχο την ενίσχυση της συγκρισιμότητας των δεδομένων που παρέχουν τα εθνικά εργαστήρια αναφοράς δημόσιας υγείας. Η λοίμωξη από STEC αποτελεί ζωονόσο με αυξητική πορεία. Το 2023, 27 κράτη μέλη της ΕΕ ανέφεραν συνολικά 10.217 επιβεβαιωμένα κρούσματα, αριθμός που τοποθετεί το STEC στην τρίτη θέση μεταξύ των πιο συχνών τροφιμογενών λοιμώξεων. Το ποσοστό κοινοποίησης για την ΕΕ έφτασε τα 3,1 κρούσματα ανά 100.000 κατοίκους, παρουσιάζοντας αύξηση 30% σε σύγκριση με το προηγούμενο έτος, γεγονός που αποδίδεται εν μέρει στην ευρύτερη χρήση νέων εργαστηριακών διαγνωστικών μεθόδων.
Η πιο συχνά αναφερόμενη οροομάδα ήταν η Ο157, ενώ ακολουθούσαν οι Ο26, Ο146, Ο103, Ο145 και Ο63. Οι συγκεκριμένες έξι οροομάδες συγκέντρωσαν πάνω από το 60% των περιπτώσεων με διαθέσιμα στοιχεία, αν και το συνολικό ποσοστό καταγραφής οροομάδας στην ΕΕ ήταν μόλις 31,9%, χαμηλότερο από το 2022. Το πρόγραμμα αξιολόγησης EQA-13, που οργανώθηκε από τη δανική μονάδα Statens Serum Institut για λογαριασμό του ECDC, περιλάμβανε αναλύσεις οροτύπου, ανίχνευση γονιδίων παθογένειας και ανάλυση γενετικών συστάδων με χρήση μεθόδων μοριακής τυποποίησης και αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος. Στη διαδικασία συμμετείχαν 22 εργαστήρια από διάφορες ευρωπαϊκές χώρες. Η συντριπτική πλειοψηφία των εργαστηρίων προχώρησε στην οροτυποποίηση και την ανίχνευση παθογόνων γονιδίων με πολύ υψηλές επιδόσεις. Τα αποτελέσματα έδειξαν μέση ακρίβεια 98% για τον πλήρη οροτύπο O:H, με το 86% των εργαστηρίων να ολοκληρώνει επιτυχώς την ανάλυση. Η απόδοση στην ανίχνευση γονιδίων όπως stx1, stx2 και eae ήταν επίσης υψηλή, με ποσοστά μεταξύ 95%
Στο πεδίο της μοριακής τυποποίησης, διαπιστώθηκε σημαντική στροφή προς τη χρήση της αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος. Όλα τα εργαστήρια που συμμετείχαν στην ανάλυση συστάδων χρησιμοποίησαν WGS και κανένα δεν επέλεξε την παλαιότερη μέθοδο PFGE. Το 89% χρησιμοποίησε τη μέθοδο cgMLST, ενώ το υπόλοιπο 11% βασίστηκε στην ανάλυση SNP. Παρά τη διαφορετικότητα των τεχνικών προσεγγίσεων, όλα τα εργαστήρια κατάφεραν να προσδιορίσουν σωστά το γενετικό σύμπλεγμα στελεχών ST335, που είχε καθοριστεί από τον πάροχο. Η συγκρισιμότητα των αποτελεσμάτων ήταν υψηλή, ιδιαίτερα όταν χρησιμοποιήθηκε η προσέγγιση cgMLST με τυποποιημένα σχήματα, όπως το Enterobase. Αντίθετα, η χρήση μη τυποποιημένων μεθόδων SNP παραμένει πιο σύνθετη και περιορίζει τη δυνατότητα σύγκρισης μεταξύ εργαστηρίων.
Η αξιολόγηση περιλάμβανε επίσης την πρόκληση ελέγχου ποιότητας, με τροποποιημένες αλληλουχίες που περιείχαν ρύπανση ή τεχνητή αλλοίωση δεδομένων. Το 63% των εργαστηρίων εντόπισε τη ρύπανση με είδος E. albertii, ενώ το 95% αναγνώρισε σωστά την υποβαθμισμένη ποιότητα ενός απομονωμένου στελέχους που δεν ανήκε σε καμία συστάδα. Η επιτυχής αξιολόγηση τέτοιων περιπτώσεων θεωρείται κρίσιμη για την ακρίβεια των αναλύσεων WGS και την ικανότητα εντοπισμού συρροών κρουσμάτων σε πραγματικές συνθήκες.
Η ανατροφοδότηση από τα εργαστήρια που συμμετείχαν στο πρόγραμμα EQA-13 ήταν γενικά θετική, με το 59% να απαντά στο σχετικό ερωτηματολόγιο. Αν και η μορφή της αξιολόγησης εκτιμήθηκε, αρκετοί συμμετέχοντες πρότειναν την απλοποίηση των εντύπων υποβολής αποτελεσμάτων, ιδιαίτερα στον τομέα των γονιδίων παθογένειας.
