Η έκθεση σε υψηλές δόσεις υπερχλωρικού άλατος μπορεί να επηρεάσει τον θυρεοειδή αδένα, διαταράσσοντας τον μεταβολισμό των ενηλίκων και επηρεάζοντας την ανάπτυξη του κεντρικού νευρικού συστήματος σε έμβρυα και βρέφη.
Στην απολύμανση των εγκαταστάσεων επεξεργασίας, χρησιμοποιούνται συχνά καθαριστικά με βάση το χλώριο με αποτέλεσμα να υπάρχει αυξημένη πιθανότητα επιμόλυνσης του γάλακτος με χλωρικό άλας