Η γενετική ανάλυση αποκαλύπτει ποικιλία στελεχών E. coli με διαφορετικούς παράγοντες αντοχής στα αντιμικροβιακά, δείχνοντας πως η τροφική αλυσίδα μπορεί να λειτουργεί ως φορέας μεταφοράς ανθεκτικότητας
Μια εκτεταμένη έρευνα που πραγματοποιήθηκε στο Ηνωμένο Βασίλειο αποκάλυψε την ποικιλομορφία και τη γενετική πολυπλοκότητα του βακτηρίου Escherichia coli σε τρόφιμα λιανικής πώλησης, επισημαίνοντας τη σημασία της συνεχούς επιτήρησης στη δημόσια υγεία. Τα τρόφιμα που διατίθενται στο εμπόριο μπορούν να αποτελέσουν φορείς βακτηριακών παθογόνων, ικανών να προκαλέσουν τροφιμογενείς ασθένειες, ιδιαίτερα όταν δεν τηρούνται οι κανόνες υγιεινής, σωστού μαγειρέματος και συντήρησης. Η παρουσία του E. coli χρησιμοποιείται συχνά ως δείκτης κοπρανώδους μόλυνσης, ωστόσο η γενετική του ποικιλία σημαίνει ότι διαφορετικοί τύποι μπορεί να ενέχουν διαφορετικά επίπεδα κινδύνου για την ανθρώπινη υγεία.
ΔΕΙΤΕ ΕΠΙΣΗΣ | Ψάρια σε ελληνικά σούπερ μάρκετ: Το 1 στα 3 από 108 δείγματα RTE βρέθηκε μολυσμένο – Αποκαλυπτική μελέτη ΑΠΘ και ΕΦΕΤ
ΔΕΙΤΕ ΕΠΙΣΗΣ | Το νέο “super-βακτήριο” στα κοτόπουλα τρομάζει τους επιστήμονες – Επίμονο και ανθεκτικό σχεδόν σε όλα τα αντιβιοτικά
Η μελέτη διεξήχθη σε δείγματα τροφίμων που συλλέχθηκαν από καταστήματα λιανικής σε όλο το Νόρφολκ του Ηνωμένου Βασιλείου. Συνολικά εξετάστηκαν 401 δείγματα, στα οποία εντοπίστηκαν 1.067 στελέχη E. coli. Στα δείγματα περιλαμβάνονταν ωμό κοτόπουλο, χοιρινό, γαρίδες, σολομός και φρέσκα φυλλώδη λαχανικά. Για κάθε δείγμα απομονώθηκαν έως τέσσερα στελέχη και υποβλήθηκαν σε πλήρη αλληλούχιση γονιδιώματος (WGS), προκειμένου να αξιολογηθεί η γενετική τους ταυτότητα και οι παράγοντες αντοχής στα αντιμικροβιακά.
ΔΕΙΤΕ ΕΠΙΣΗΣ | Ερευνητές αποκαλύπτουν το σκοτεινό πρόσωπο του μελιού και τα “κρυφά” του δηλητήρια
Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι τα στελέχη του E. coli παρουσίαζαν σημαντική γενετική ποικιλομορφία. Από τα 401 δείγματα, τα βακτήρια ταξινομήθηκαν σε 238 γνωστούς και 54 νέους τύπους αλληλουχίας (STs), αποδεικνύοντας τη μεγάλη ετερογένεια των βακτηρίων που κυκλοφορούν στην τροφική αλυσίδα. Σε αρκετές περιπτώσεις, διαφορετικά στελέχη προέρχονταν από το ίδιο δείγμα τροφίμου, φανερώνοντας ότι ένα μόνο προϊόν μπορεί να περιέχει πολλαπλές γενεαλογικές γραμμές E. coli με διαφορετικά χαρακτηριστικά.
Η ανάλυση των γονιδιωμάτων αποκάλυψε έως και 845 πολυμορφισμούς σε επίπεδο νουκλεοτιδίου μεταξύ στελεχών του ίδιου δείγματος, δείγμα του υψηλού βαθμού διαφοροποίησης. Σε ό,τι αφορά την αντιμικροβιακή αντοχή, τα στελέχη εμφάνιζαν από μηδέν έως και 14 καθοριστικούς παράγοντες AMR (Antimicrobial Resistance). Περίπου το 35% των δειγμάτων που βρέθηκαν θετικά σε E. coli περιείχαν τρεις ή περισσότερους παράγοντες αντοχής, ενώ εντοπίστηκαν έως και τέσσερις διαφορετικοί συνδυασμοί γονιδίων AMR στο ίδιο τρόφιμο.
Ανάμεσα στα απομονωμένα στελέχη, αναγνωρίστηκαν 26 πιθανά εξωεντερικά παθογόνα E. coli (ExPEC), τα οποία συνδέονται με λοιμώξεις εκτός του εντερικού συστήματος, όπως ουρολοιμώξεις ή σηψαιμία. Η παρουσία τέτοιων στελεχών στα τρόφιμα καταδεικνύει ότι τα προϊόντα λιανικής μπορούν να φιλοξενούν μικροοργανισμούς με δυνητικά παθογόνο χαρακτήρα.
Οι ερευνητές χρησιμοποίησαν μια μη επιλεκτική μέθοδο καλλιέργειας και την τεχνική αλληλούχισης ολόκληρου του γονιδιώματος, που επιτρέπει την αναγνώριση τόσο των γενετικών τύπων όσο και των γονιδίων αντοχής. Η μελέτη υπογραμμίζει ότι η παραδοσιακή προσέγγιση, η οποία βασίζεται στην απομόνωση ενός μόνο στελέχους ή στην απλή καταμέτρηση των E. coli, δεν αποτυπώνει πλήρως τη γενετική ποικιλία και τους πιθανούς κινδύνους που ενέχουν τα τρόφιμα.
Η προσέγγιση πολλαπλής απομόνωσης και ανάλυσης WGS παρέχει σαφέστερη εικόνα για τη δυναμική της μικροβιακής μόλυνσης και τη μεταφορά γονιδίων αντοχής μέσα στην τροφική αλυσίδα. Η μεγάλη γενετική ποικιλία που εντοπίστηκε υποδηλώνει ότι οι καταναλωτές ενδέχεται να εκτίθενται σε ένα ευρύ φάσμα στελεχών E. coli μέσω διαφορετικών προϊόντων.
Τα ευρήματα υπογραμμίζουν την ανάγκη για εκτεταμένες μελέτες σε διεθνή κλίμακα, καθώς η παγκοσμιοποίηση του εμπορίου και η εισαγωγή τροφίμων από διάφορες χώρες αυξάνουν τη μεταφορά βακτηρίων με ανθεκτικότητα στα αντιμικροβιακά. Μια προσέγγιση που βασίζεται στην έννοια της «Μίας Υγείας» (One Health) θεωρείται απαραίτητη, λαμβάνοντας υπόψη τη σχέση μεταξύ ζώων, περιβάλλοντος και ανθρώπων. Η έρευνα καταλήγει ότι η παρακολούθηση των στελεχών E. coli με τη χρήση πολλαπλών απομονώσεων και πλήρους γονιδιωματικής ανάλυσης είναι ουσιαστική για την αποτελεσματική εκτίμηση του μικροβιακού κινδύνου στα τρόφιμα λιανικής. Η προσέγγιση αυτή προσφέρει ολοκληρωμένη εικόνα των βακτηριακών πληθυσμών που φτάνουν στον καταναλωτή και μπορεί να συμβάλει στη διαμόρφωση σύγχρονων πολιτικών ασφάλειας τροφίμων.
