Η αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος (WGS) έχει εξελιχθεί σε σημαντικό εργαλείο για τη διερεύνηση τροφιμογενών εξάρσεων, καθώς επιτρέπει στους επιστήμονες να συγκρίνουν το γενετικό αποτύπωμα βακτηρίων που εντοπίζονται σε τρόφιμα, εγκαταστάσεις παραγωγής και ασθενείς. Παρά τις δυνατότητές της, όμως, η χρήση της από τις επιχειρήσεις τροφίμων εξακολουθεί να συναντά εμπόδια που δεν σχετίζονται τόσο με την τεχνολογία όσο με το νομικό πλαίσιο, το κόστος και τη διαχείριση των δεδομένων.
Σε ανάλυσή του στο Food Safety Magazine, ο Martin Wiedmann, καθηγητής με ειδίκευση στην ασφάλεια τροφίμων, επισημαίνει ότι η μέθοδος μπορεί να βοηθήσει τις επιχειρήσεις να εντοπίζουν την πηγή μιας μόλυνσης, να διαπιστώνουν αν το ίδιο βακτηριακό στέλεχος επανεμφανίζεται σε μια εγκατάσταση και να περιορίζουν την έκταση μιας ανάκλησης. Ωστόσο, οι εταιρείες εμφανίζονται επιφυλακτικές όταν τα αποτελέσματα των αναλύσεων ενδέχεται να χρησιμοποιηθούν σε ελέγχους, δικαστικές διαδικασίες ή υποθέσεις ευθύνης για μη ασφαλή προϊόντα.
Πώς το DNA συνδέει τα περιστατικά μόλυνσης
Η WGS αποκωδικοποιεί το γενετικό υλικό ενός μικροοργανισμού και επιτρέπει τη λεπτομερή σύγκριση διαφορετικών δειγμάτων. Όταν, για παράδειγμα, εντοπίζεται Listeria monocytogenes σε μια μονάδα παραγωγής και σε ένα τρόφιμο, η γενετική σύγκριση μπορεί να δείξει αν τα στελέχη είναι στενά συγγενικά και αν ενδέχεται να συνδέονται με κοινή πηγή μόλυνσης. Η γενετική ομοιότητα, ωστόσο, δεν αποδεικνύει από μόνη της ότι ένα συγκεκριμένο τρόφιμο προκάλεσε μια έξαρση. Απαιτούνται παράλληλα επιδημιολογικά στοιχεία, πληροφορίες για την έκθεση των ασθενών και διερεύνηση της διαδρομής του προϊόντος στην εφοδιαστική αλυσίδα.
Για τις επιχειρήσεις, η μέθοδος μπορεί να προσφέρει πρακτικά οφέλη. Βοηθά να εντοπιστεί αν ένα βακτηριακό στέλεχος επιμένει σε εξοπλισμό ή σε συγκεκριμένο σημείο μιας εγκατάστασης, να διακριθεί μια πραγματική μόλυνση από πιθανό εργαστηριακό σφάλμα και να προσδιοριστούν με μεγαλύτερη ακρίβεια οι παρτίδες που ενδέχεται να επηρεάζονται. Έτσι, μπορεί να διευκολύνει τη διερεύνηση και να περιορίσει άσκοπες ή υπερβολικά εκτεταμένες ανακλήσεις, όταν τα αποτελέσματα υποστηρίζονται από επαρκή στοιχεία.
Η νομική αβεβαιότητα κρατά τις επιχειρήσεις επιφυλακτικές
Σε έρευνα του 2024, στην οποία συμμετείχαν 18 εταιρείες τροφίμων, τέσσερις δήλωσαν ότι δεν χρησιμοποιούσαν καθόλου WGS. Μεταξύ των βασικών εμποδίων καταγράφηκαν οι ανησυχίες για τις κανονιστικές συνέπειες και τη νομική ευθύνη. Το 81% των συμμετεχόντων ανέφερε ότι οι κανονιστικές επιπτώσεις επηρεάζουν τις αποφάσεις τους σχετικά με τη χρήση της τεχνολογίας. Οι εταιρείες ανησυχούν, μεταξύ άλλων, ότι τα γενετικά δεδομένα που κοινοποιούνται σε δημόσιες βάσεις μπορεί να χρησιμοποιηθούν από ρυθμιστικές αρχές ή σε δικαστικές υποθέσεις. Παράλληλα, η ερμηνεία των γενετικών διαφορών δεν είναι πάντα απλή και εξαρτάται από το είδος του μικροοργανισμού, το περιβάλλον από το οποίο προήλθε το δείγμα και τα υπόλοιπα στοιχεία της διερεύνησης. Στα εμπόδια προστίθενται το κόστος των αναλύσεων και η έλλειψη προσωπικού με εξειδίκευση στη βιοπληροφορική. Για μικρότερες επιχειρήσεις, η εγκατάσταση και η συστηματική αξιοποίηση τέτοιων συστημάτων μπορεί να είναι ιδιαίτερα απαιτητική.
Νέες υποχρεώσεις στην Ευρωπαϊκή Ένωση
Ο Κανονισμός της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (ΕΕ) 2025/179, που εφαρμόζεται από τις 23 Αυγούστου 2026, προβλέπει τη συλλογή και τη γενετική ανάλυση συγκεκριμένων παθογόνων όταν συνδέονται ή υπάρχουν υποψίες ότι συνδέονται με τροφιμογενή έξαρση. Στα βακτήρια που καλύπτονται περιλαμβάνονται η Salmonella enterica, η Listeria monocytogenes, το Escherichia coli και τα Campylobacter jejuni και Campylobacter coli. Οι επιχειρήσεις τροφίμων και ζωοτροφών οφείλουν, κατόπιν αιτήματος των αρμόδιων αρχών και εφόσον διαθέτουν τα σχετικά στοιχεία, να υποβάλλουν τα απομονωμένα στελέχη και τα αντίστοιχα αποτελέσματα WGS στο πλαίσιο των ερευνών.
Η ανάλυση προτείνει σαφέστερες οδηγίες για τον τρόπο με τον οποίο οι αρχές ερμηνεύουν τα γενετικά δεδομένα, καθώς και καλύτερο συντονισμό μεταξύ επιχειρήσεων, επιστημόνων και ρυθμιστικών φορέων. Στόχος είναι να αξιοποιούνται τα πλεονεκτήματα της τεχνολογίας για την προστασία της δημόσιας υγείας, χωρίς να δημιουργείται αδικαιολόγητη αβεβαιότητα για τις επιχειρήσεις που την εφαρμόζουν.
