Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Γονιδιώματος έχει φέρει επανάσταση στην ασφάλεια τροφίμων, καθιστώντας την ανίχνευση και πρόληψη τροφιμογενών νοσημάτων πιο ακριβή, ταχεία και στοχευμένη.
Με αφορμή την μεγάλη επιδημία Listeria monocytogenes από κατεψυγμένο καλαμπόκι που κόστισε τη ζωή σε 10 ανθρώπους, Ισπανοί επιστήμονες εντόπισαν τα κύρια σημεία μόλυνσης σε μονάδες επεξεργασίας
Στο μέλλον, η WGS θα είναι η προτιμώμενη μέθοδος για τη διερεύνηση της μικροβιολογικής ασφάλειας των τροφίμων, λόγω της υψηλής διακριτικής της ισχύος και της σταδιακής κατάργησης παλαιότερων μεθόδων οροτυποποίησης διεθνώς.