Το ECDC ενισχύει την επιτήρηση και προωθεί τη χρήση προηγμένων μοριακών μεθόδων από τα εθνικά εργαστήρια
Η μόλυνση από Salmonella spp. παραμένει ένα από τα κυριότερα προβλήματα δημόσιας υγείας στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Με 77.486 καταγεγραμμένα κρούσματα το 2023, η σαλμονέλωση κατατάσσεται ως η δεύτερη πιο συχνά αναφερόμενη ζωονόσος στους ανθρώπους, ενώ συνδέεται και με τον μεγαλύτερο αριθμό τροφιμογενών επιδημιών. Παρά τις διαχρονικές προσπάθειες πρόληψης και ελέγχου, η συνολική τάση εμφάνισης της νόσου την περίοδο 2017-2023 δεν παρουσίασε αξιόλογη μεταβολή.
Για την αποτελεσματική παρακολούθηση και την έγκαιρη ανταπόκριση σε τέτοιου είδους νοσήματα, απαιτείται ένα πολύπλευρο σύστημα επιτήρησης, που να συνδυάζει δεδομένα σε εθνικό και διακρατικό επίπεδο. Το ECDC έχει θέσει συγκεκριμένους στόχους επιτήρησης, οι οποίοι εστιάζουν στην καταγραφή και αξιολόγηση των τάσεων, στον εντοπισμό ευάλωτων πληθυσμών, στην κατανόηση των μηχανισμών μετάδοσης και στην υποστήριξη ερευνητικών δραστηριοτήτων. Βασικός πυλώνας για την εκπλήρωση αυτών των στόχων είναι τα Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς Δημόσιας Υγείας (NPHRL) των κρατών-μελών της ΕΕ και του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου.
Στο πλαίσιο αυτό, το ECDC διοργανώνει ετήσιο Πρόγραμμα Εξωτερικής Αξιολόγησης Ποιότητας (EQA) για την τυποποίηση και τη μοριακή ανάλυση της Salmonella. Το πιο πρόσφατο πρόγραμμα (EQA-14) ανατέθηκε στο Εθνικό Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας και Περιβάλλοντος της Ολλανδίας (RIVM) και περιλάμβανε την οροτυποποίηση απομονωμένων στελεχών και την ανάλυση συστάδων μέσω μοριακής τυποποίησης.
Στην οροτυποποίηση συμμετείχαν 29 εργαστήρια, εκ των οποίων, περισσότερα από τα μισά χρησιμοποίησαν φαινοτυπικές μεθόδους, ενώ ένα μικρό ποσοστό βασίστηκε αποκλειστικά ή συνδυαστικά σε μεθόδους πρόβλεψης οροτύπου μέσω WGS (Whole Genome Sequencing). Η απόδοση των εργαστηρίων ήταν γενικά υψηλή, με τα περισσότερα να επιτυγχάνουν ποσοστά ορθότητας 92% έως 100%. Δεν εντοπίστηκε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ των διαφορετικών μεθοδολογιών, γεγονός που ενισχύει την αξιοπιστία τόσο των παραδοσιακών όσο και των σύγχρονων προσεγγίσεων όταν εφαρμόζονται σωστά.
Στην ανάλυση συστάδων μέσω μοριακής τυποποίησης συμμετείχαν 24 εργαστήρια. Η χρήση του WGS ως βασική μεθοδολογία ήταν καθολική στην EQA-14, καταγράφοντας αύξηση από την προηγούμενη χρονιά. Η εφαρμογή παλαιότερων τεχνικών, όπως η ηλεκτροφόρηση πηκτής παλμικού πεδίου (PFGE), έχει πλέον εγκαταλειφθεί, γεγονός που αντανακλά τη γενική στροφή προς τεχνολογίες υψηλότερης ανάλυσης και φορητότητας.
Η ανάλυση που βασίστηκε σε WGS απέδωσε πολύ καλά αποτελέσματα. Οι περισσότεροι συμμετέχοντες ακολούθησαν προσεγγίσεις γονίδιο προς γονίδιο, ενώ ορισμένοι χρησιμοποίησαν ανάλυση με βάση τις παραλλαγές ενός μόνο νουκλεοτιδίου (SNP). Αξιοσημείωτο είναι ότι, παρά την ποικιλία στις τεχνικές και στα εργαλεία που εφαρμόστηκαν, η συνολική ακρίβεια στην αντιστοίχιση συστάδων έφτασε το 97%. Είκοσι ένα εργαστήρια πέτυχαν πλήρη αντιστοίχιση των παρεχόμενων δειγμάτων.
Η ανάλυση μέσω MLVA (Multilocus Variable Number Tandem Repeat Analysis) εφαρμόστηκε από δύο εργαστήρια, τα οποία είχαν επίσης υψηλή τεχνική απόδοση και συνέβαλαν στην ορθή αξιολόγηση των συστάδων. Εντούτοις, η μέθοδος PFGE δεν χρησιμοποιήθηκε από κανένα εργαστήριο στο EQA-14, γεγονός που αντικατοπτρίζει την απομάκρυνση της επιστημονικής κοινότητας από τεχνικές χαμηλής διακριτικής ικανότητας και περιορισμένης χρηστικότητας σε διεθνείς επιδημιολογικές αναλύσεις.
Το ECDC συνιστά πλέον τη χρήση WGS, τουλάχιστον σε περιπτώσεις εστιών επιδημιών. Παράλληλα, καλεί τα κράτη-μέλη να καταθέτουν δεδομένα WGS στο Ευρωπαϊκό Σύστημα Επιτήρησης (TESSy) σε πραγματικό χρόνο, ώστε να διευκολύνεται η ταχεία ανίχνευση συσχετίσεων μεταξύ κρουσμάτων και να ενισχύεται η ανταπόκριση σε διασυνοριακές επιδημίες.
Η αξιολόγηση του EQA-14 έδειξε ότι πολλά εργαστήρια χρησιμοποίησαν τα ευρήματα για τη λήψη διορθωτικών μέτρων, γεγονός που αποδεικνύει την πρακτική του αξία στην ενίσχυση της τεχνικής ικανότητας των εθνικών υποδομών δημόσιας υγείας. Η σωστή λειτουργία των NPHRL είναι καθοριστική για την επίτευξη υψηλών προτύπων επιτήρησης και την έγκαιρη αντίδραση σε υγειονομικές απειλές, τόσο σε εθνικό όσο και σε ευρωπαϊκό επίπεδο.
