Στόχος του νέου Οργανισμού, η προστασία της δημόσιας υγείας, η διαφύλαξη της επισιτιστικής και διατροφικής ασφάλειας, καθώς και η ανάπτυξη του ενδοαφρικανικού και παγκόσμιου εμπορίου ασφαλών τροφίμων
Ο υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων Γιώργος Γεωργαντάς θεωρεί τον πρωτογενή τομέα ως την ατμομηχανή της ανάπτυξης για τις χώρες της Αφρικής ώστε να περιοριστεί ο κίνδυνος της επισιτιστικής κρίσης.
Καλύπτοντας από έξυπνες υπηρεσίες υγείας και χρηματοοικονομικής τεχνολογίας έως τεχνολογία τροφίμων, βιώσιμη ενέργεια, οι εταιρείες της ΕΕ και της Αφρικής φέρνουν τις έξυπνες λύσεις τους για κλιμάκωση μέσω εταιρικών σχέσεων σε ολόκληρη τη Μεσόγειο Θάλασσα.