Ορισμένες τροφές αποτελούν φυσικά προβιοτικά που μπορούν να αποκαταστήσουν τη φυσική χλωρίδα του εντέρου, η οποία διαταράσσεται μετά τη λήψη αντιβιοτικών.
Το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Πληροφοριών για τα Τρόφιμα (EUFIC) ευαισθητοποιεί τους καταναλωτές για τον ρόλο του μικροβιώματος στην υγεία και πως τα λειτουργικά τρόφιμα μπορούν να γίνουν πολύτιμοι σύμμαχοι.
Τα προβιοτικά βακτήρια που βρίσκονται σε τρόφιμα που έχουν υποστεί ζύμωση μπορεί να βοηθήσουν στην εξάλειψη της κακοσμίας του στόματος, σύμφωνα με έρευνα.
Σήμερα απαγορεύεται η χρήση ισχυρισμών υγείας για προβιοτικά στην αγορά της ΕΕ - Κενό στην ενημέρωση των καταναλωτών - Περιορισμός στην σήμανση των τροφίμων ως προβιοτικών.